Toen

1. One-time events in the past.

• Toen het vijf uur was, ging hij naar huis.
• Ik was niet thuis, toen Peter belde.

2. A period in the past.

• Toen ik klein was, geloofde ik in Sinterklaas.
• Toen ik in Amsterdam woonde, had ik veel vrienden.

You never combine toen with present tense. 

Wanneer/Als (conjunction)

1. (Possible) events now or in the future (can indicate a condition)

• Wanneer/als het regent, ga ik niet naar de voetbaltraining.
• Wanneer/als ik slecht slaap, kan ik me niet concentreren.
• Ik ga naar huis, wanneer/als het vijf uur is.

2. Repeated events in the past

• Wanneer/als het regende, bleven we binnen.
• De baby huilde wanneer/als hij honger had.
• Wanneer/als ik een woord niet kende, zocht ik het op internet op.

Note that wanneer and als are both possible in above sentences. Als is a bit more common, especially in speech. 

Other uses of toen and wanneer

Toen can also have a different meaning (adverb). It looks like daarna or in die tijd. You use it when you talk about things in the past.

• Eerst heb ik gewerkt en toen/daarna heb ik Jan gebeld. 
• Mijn vader is geboren 1975. Toen/In die tijd was er nog geen internet. 
• Robin speelde de bal naar Kees en toen/daarna maakte Kees een doelpunt!

Wanneer can also have a different meaning (adverb). It refers to a certain moment in time.  You can’t replace it by als in this case. 

• Ik ben vergeten wanneer je jarig bent.
• Wanneer ga je naar huis?

Practice more? Here you can find a PDF about this topic.